Początki sanktuarium w Górzycy łączą się z przeniesieniem figury Matki Bożej z pobliskiego Pamięcina do Górzycy w ramach przygotowywania nowej siedziby biskupów lubuskich w tymże mieście.
Zniszczenie nastąpiło z polecenia Jana z Kostrzyna, który przeszedł na luteranizm. Dnia 15.06.1551 r. Jan Minckwitz, prowadząc uzbrojona bandę napadł na Sanktuarium. Zniszczenie kaplicy przerwało kult Matki Bożej w Górzycy. Resztki budowli rozpadły się w czasach nowożytnych. Podczas prac przy budowie oczyszczalni ścieków na terenie dawnego sanktuariu w czasach PRL-u część terenu przebadano archeologicznie. Obecnie Gmina Górzyca nie zabezpieczyła terenu w planie zagospodarowania. Tereny rozparcelowano na sprzedaż na działki budowlane. Z drugiej strony postawiono sklep wielkopowierzchniowy. Konserwator Zabytków nie uznał, aby miejsce było odpowiednio do historycznej wartości i znaczenia chronione. Tak więc ostatecznie miejsce, które mogło być materialnym świadkiem piastowskiej historii tych ziem oraz łaczności z Polską (przede wszystkim przez łączność z Kościołem w Polsce w ramach przynależności do metropolii gnieźnieńskiej), zostało zdegradowane. Tak dopelniło się dążenie nie tylko protestanckie ale i decydentów peerelowskich do zniszczenia pamięci o tym miejscu. Postawiony w pobliżu głaz (z juz nieczytelnym napisem) nie zastąpi badań archeologicznych, które powinny być przeprowadzone. Woli zajęcia się tym problemem na żadnym szczeblu odpowiednich władz nie można uzyskać. Jedynie odbudowany w latach 80'tych ubiegłego wieku kościół parafialny, znajdujący sie w innym miejscu niż historyczne sanktuarium, poprzez umieszczony XVIII-wieczny obraz Matki Bożej nieustalonego do końca pochodzenia, nawiązuje do historycznego miejsca. Więcej na temat Sanktuarium m.in. w publikacji: "DZIEJE ŚREDNIOWIECZNEGO SANKTUARIUM MATKI BOŻEJ W GÓRZYCY
NA TLE WYBRANYCH WYDARZEŃ HISTORYCZNYCH" (http://perspectiva.pl/pdf/p32/04-GRABOWSKI.pdf) oraz B. Grabowska, Zaginiony wizerunek Matki Boskiej z Górzycy. Próba ustalenia typu ikonograficznego, [w:] M. Golemski (red.), Colloquia Lubuskie, 3: Z dziejów kultu św. Jakuba i dawnego biskupstwa lubuskiego, Ośno Lubuskie 2011